window.open() により呼び出した画面が呼び出し元画面の背面に表示され、画面に対して focus() を実行しても最前面に表示されません

この事象は Java 6 Update 10 にて導入された次世代 Java Plug-in を有効にしている場合に発生します。
この事象の発生を回避するためには、以下のように JVM が起動しているウインドウのフォーカスを再設定し、その後新しく開いたウインドウにフォーカスを設定する必要があります。

--- サンプルコード(ブラウザがIEの場合） ---
function openBrowser() {
var wid = window.open();
var agt = navigator.userAgent.toLowerCase();
if (agt.indexOf("msie") != -1) // if IE
{
    window.blur();      // フォーカスを外す
    window.focus();   // フォーカスの再設定
}
wid.focus(); // 新しく開いたブラウザウインドウにフォーカス設定
}