複数のウィンドウが重なって表示されている場合、ウィンドウの表示順序を取得するにはどうすればよいですか

ウィンドウコンポーネントの親コンポーネント (java.awt.Container) 中のインデックスを取得する事で表示順序を判別することが出来ます。
具体的な実装方法については添付の内容を参照ください。